MKSJ ima nadležnost nad pojedincima, a ne nad organizacijama, političkim strankama, vojnim jedinicama, administrativnim entitetima ili drugim pravnim subjektima.
Međunarodni sud ima zadatak izvesti pred sud osobe odgovorne za teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava na teritoriji bivše Jugoslavije od 1991. godine, i time doprinijeti ponovnoj uspostavi i održavanju mira u regiji.
Prema svom Statutu, MKSJ ima nadležnost nad teritorijom bivše Jugoslavije od 1991. godine. Sud ima nadležnost samo nad pojedincima, a ne nad organizacijama, političkim strankama, vojnim jedinicama, administrativnim entitetima ili drugim pravnim subjektima.
Premda MKSJ i nacionalni sudovi imaju uporednu nadležnost nad teškim kršenjima međunarodnog humanitarnog prava počinjenim na teritoriji bivše Jugoslavije, MKSJ ima primat nad nacionalnim sudovima i može preuzeti nacionalne istrage i postupke u bilo kojoj fazi, ako se pokaže da to nalažu interesi međunarodne pravde. MKSJ, osim toga, može svoje predmete proslijediti nadležnim nacionalnim vlastima u bivšoj Jugoslaviji.
Međunarodni sud je ovlašten za krivično gonjenje i vođenje sudskih postupaka u vezi sa četiri kategorije krivičnih djela: teškim povredama Ženevskih konvencija iz 1949. godine, kršenjima zakona i običaja ratovanja, genocidom i zločinima protiv čovječnosti. MKSJ nije ovlašten za krivično gonjenje država zbog agresije ili zločina protiv mira. Ti zločini su u nadležnosti Međunarodnog suda pravde.
Na osnovu člana 1 Statuta MKSJ-a, Međunarodni sud ima nadležnost nad osobama odgovornim za teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava počinjena na teritoriji bivše Jugoslavije od 1991. godine. U Statutu MKSJ-a takođe se navodi da nijedna optužena osoba, bilo da se radi o šefu države ili vlade ili o odgovornom državnom funkcioneru, ne može biti oslobođena krivične odgovornosti niti joj se može ublažiti kazna na osnovu njenog službenog položaja.
U članovima 2 do 5 Statuta navode se četiri različite kategorije dolje opisanih krivičnih djela nad kojima Međunarodni sud ima nadležnost. Važno je napomenuti da član 7 predviđa da osoba koja je planirala, poticala, naredila, počinila ili na drugi način pomogla i podržala planiranje, pripremu ili izvršenje nekog od krivičnih djela navedenih u članovima od 2 to 5 snosi individualnu krivičnu odgovornost za to krivično djelo.
Teške povrede Ženevskih konvencija iz 1949.
Četiri Ženevske konvencije određuju pravila o zaštiti civila, koji ne učestvuju u borbama, i bolesnih i ranjenih pripadnika oružanih snaga i brodolomnika na moru, te ratnih zarobljenika u vrijeme rata, koji se ne mogu više boriti.
Do sada su Ženevske konvencije potpisale 194 države. Te države potpisnice obavezne su da donesu sve potrebne zakone kojima se obezbjeđuju efektivne krivične sankcije protiv osoba koje počine ili narede da se počine "teške povrede" Ženevskih konvencija. Takođe su dužne da tragaju za osobama za koje se navodi da su počinile ili naredile da se počine takve povrede i da ih izvedu pred sud ili predaju nekoj drugoj državi da bi im se sudilo. Na osnovu člana 2 Statuta MKSJ-a, Međunarodni sud ima nadležnost nad sljedećim teškim povredama:
«Međunarodni sud je nadležan da krivično goni osobe koje su počinile ili naredile da se počine teške povrede Ženevskih konvencija od 12. augusta 1949., odnosno sljedeća djela protiv osoba ili imovine zaštićenih odredbama relevantne Ženevske konvencije:
- hotimično lišavanje života;
- mučenje ili nečovječno postupanje, uključujući biološke eksperimente;
- hotimično nanošenje velikih patnji ili teških povreda tijela ili zdravlja;
- uništavanje i oduzimanje imovine širokih razmjera koje nije opravdano vojnom nuždom i izvedeno je protivpravno i bezobzirno;
- prisiljavanje ratnog zarobljenika ili civila da služi u snagama neprijateljske sile;
- hotimično uskraćivanje prava ratnom zarobljeniku ili civilu na pravičan i redovan sudski postupak;
- protivpravna deportacija ili premještanje ili protivpravno zatvaranje civila;
- uzimanje civila za taoce.»
> Ženevske konvencije (na engleskom)
Kršenja zakona i običaja ratovanja
Zakoni i običaji ratovanja regulišu vođenje oružanih sukoba, uključujući u odnosu na civile. Član 3 Statuta MKSJ-a navodi neiscrpan spisak kažnjivih kršenja koja su u nadležnosti Suda. Taj spisak, između ostalog, uključuje korištenje otrovnih oružja, bezobzirno razaranje gradova koje nije opravdano vojnom nuždom, uništavanje vjerskih i obrazovnih institucija, i pljačkanje javne ili privatne imovine.
Zakoni i običaji ratovanja predstavljaju korpus međunarodnog prava uveden kroz razne međunarodne ugovore, konvencije i sporazume, od kojih su najznačajnije Haške konvencije iz 1898. i 1907. i Ženevske konvencije iz 1949., te Dopunski protokoli iz 1977., kao i kroz razvoj međunarodnog običajnog prava.
Zločini protiv čovječnostiy
Pojam zločina protiv čovječnosti razvijao se tokom mnogih decenija i ti zločini su uvršteni u Povelje Međunarodnih sudova u Nirnbergu i Tokiju koji su vodili suđenja nakon Drugog svjetskog rata. U članu 5 Statuta MKSJ-a ti zločini su definisani kao “sljedeća krivična djela kada su počinjena u oružanom sukobu, bilo međunarodnog bilo unutrašnjeg karaktera, i usmjerena protiv civilnog stanovništva:
- ubistvo;
- istrebljivanje;
- porobljavanje;
- deportacija;
- zatvaranje;
- mučenje;
- silovanje;
- progoni na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi;
- druga nehumana djela.»
Genocid
Član 4 Statuta MKSJ-a objedinjuje član 2 i 3 Konvencije o sprečavanju i kažnjavanju zločina genocida iz 1948. U članu 4 su nabrojana djela koja predstavljaju genocid, ukoliko su počinjena "s namjerom da se u cijelosti ili djelimično uništi neka nacionalna, etnička, rasna ili vjerska grupa kao takva". Ta djela uključuju ubijanje pripadnika te grupe i nanošenje teške tjelesne ili duševne povrede pripadnicima te grupe.
Osim genocida, prema članu 4 takođe su kažnjivi udruživanje radi vršenja genocida, direktno ili javno poticanje na vršenje genocida, pokušaj vršenja genocida i saučesništvo u genocidu.