Outre les fonctions judiciaires qui sont au cœur de leurs activités, les juges du TPIY rédigent et adoptent le Règlement de procédure et de preuve (le « Règlement ») et d’autres documents juridiques. Le Règlement régit la conduite des procès devant le Tribunal et permet de régler d’autres questions telles que celles liées à l’administration de la preuve et à la protection des témoins.
Les juges se réunissent en séance plénière pour adopter et modifier le Règlement, se prononcer sur des questions liées au fonctionnement interne des Chambres et s’acquitter des autres fonctions qui leur sont confiées par le Statut ou le Règlement. Outre les deux réunions plénières ordinaires tenues chaque année, des réunions plénières extraordinaires sont convoquées, en général pour permettre aux juges de modifier le Règlement. La présence de dix juges permanents au moins est requise à chaque réunion plénière du Tribunal pour que les décisions prises lors de celles-ci puissent prendre effet.
Les organes de régulation du TPIY sont le Bureau, le Conseil de coordination et le Comité de gestion. Le Bureau, composé du Président, du Vice-Président et des Présidents des Chambres de première instance, examine toutes les questions importantes liées au fonctionnement du Tribunal.
Le Conseil de coordination, constitué du Président, du Procureur et du Greffier, coordonne les activités des trois organes principaux du Tribunal pour permettre à celui-ci d’accomplir efficacement sa mission. Le Conseil de coordination se réunit une fois par mois, sous la houlette du Président.
Le Comité de gestion est constitué du Président, du Vice-Président, d’un juge élu pour un mandat renouvelable d’un an par les juges réunis en séance plénière, du Greffier, du Greffier adjoint et du Chef de l’administration. Le Comité de gestion dirige les activités liées au soutien administratif et judiciaire des Chambres, y compris la préparation et l’exécution du budget du Tribunal, à l’exception des postes budgétaires liés spécifiquement aux activités du Bureau du Procureur.