Sudijama na Međunarodnom sudu je povjerena važna dužnost utvrđivanja krivice ili nevinosti osoba koje su optužene da su počinile ratne zločine u bivšoj Jugoslaviji, kao i izricanja kazni onima koje osude. Tokom suđenja, oni pomno slušaju svjedoke koji svjedoče, te ispituju forenzičke i druge dokaze predočene na sudu. Sudije u svom radu primjenjuju najviše međunarodne pravne norme i izriču presude na osnovu dokaza koje im predoče tužilaštvo i obrana.

Sudije MKSJ dolaze iz raznih pravnih sistema i na Međunarodni sud donose bogatstvo stručnog znanja iz oblasti prava, kao i širok spektar iskustava i perspektiva. Kao što to nalaže Statut Međunarodnog suda, sudije su nepristrasne i čestite osobe visokih moralnih kvaliteta koje posjeduju kvalifikacije potrebne za izbor na najviše pravosudne funkcije, te iskustvo u krivičnom i međunarodnom pravu, uključujući međunarodno humanitarno pravo i ljudska prava.

Sudije čine jedan od tri glavna tijela Međunarodnog suda – Sudska vijeća. Preostala dva tijela su Tužilaštvo i Sekretarijat. 

Vijeća čine tri pretresna vijeća i Žalbeno vijeće. U radu im pomažu timovi pravne podrške sudskim vijećima. Oni se sastoje od brojnih pravnika, koje upošljava Sekretarijat, koji pomažu sudijama u istraživačkom radu, pripremi i vođenju postupaka kao i u učešću u sastavljanju pravnih dokumenata.

Svako pretresno vijeće se sastoji od troje stalnih sudija i maksimalno šest sudija ad litem istovremeno. Sudije ad litem imenuje Generalni sekretar Ujedinjenih nacija na zahtjev predsjednika Međunarodnog suda, a imenuju se za jedno ili više konkretnih suđenja, čime se omogućava efikasnije korišćenje resursa u skladu s promjenama u broja postupaka. Član 12(1) Statuta Međunarodnog suda dozvoljava imenovanje najviše 12 sudija ad litem.

Savjet bezbjednosti je 29. juna 2011. usvojio rezoluciju br. 1931 kojom je produžio mandate pet stalnih sudija Žalbenog vijeća do 31. decembra 2012. godine. Dodatnom rezolucijom usvojenom 29. juna 2011. godine Savjet bezbjednosti je produžio mandate osam stalnih sudija i devet sudija ad litem koji zasjedaju u pretresnim vijećima do 31. decembra 2012. godine ili do okončanja predmeta za koje su imenovani.

Za svaki predmet se određuje troje sudija, a barem jedan sudija po predmetu mora biti stalni sudija. Svako pretresno vijeće može biti podijeljeno u najviše tri sekcije od po troje sudija, koju čine stalne sudije i sudije ad litem. Pojedine sekcije imaju iste nadležnosti i odgovornosti kao i pretresna vijeća.

Pretresno vijeće je dužno osigurati da svako suđenje budu pravično, ekspeditivno i da se vodi u skladu s Pravilnikom o postupku i dokazima Međunarodnog suda, i s punim poštovanjem prava optuženog i odgovarajućom brigom za zaštitu žrtava i svjedoka.

Žalbeno vijeće se sastoji od sedam stalnih sudija, od kojih je petoro stalnih sudija MKSJ i dvoje stalnih sudija Međunarodnog krivičnog suda za Ruandu (dalje u tekstu: MKSR). Tih sedam sudija čine i Žalbeno vijeće MKSR. O svakoj žalbi sudi i presuđuje vijeće od pet sudija Žalbenog vijeća.

Predsjednik i potpredsjednik

Predsjednik i potpredsjednik Međunarodnog suda biraju se iz redova sudija MKSJ. 

Predsjednik Međunarodnog suda bira se većinom glasova stalnih sudija, na rok od dvije godine i može obnoviti mandat samo jednom. Predsjednik nadzire rad Žalbenog vijeća, i zadužen je za imenovanje sudija u Žalbeno vijeće i pretresna vijeća. Predsjednik, osim toga, predsjedava svim plenarnim sjednicama Međunarodnog suda, koordinira rad sudskih vijeća i nadzire rad Sekretarijata, izdaje uputstva za rad u kojima se razrađuju detaljni aspekti vođenja postupaka pred Međunarodnim sudom. 

Predsjednik obavlja diplomatske i političke funkcije vezane za rad Suda, i nadzire rad sekretara Suda kada ovaj obavlja funkciju posrednika u komunikaciji Suda. Prema Statutu, predsjednik ima obavezu podnošenja godišnjeg izvještaja o radu Međunarodnog suda Generalnoj skupštini, kao i obavezu da Savjetu bezbjednosti dostavlja detaljne šestomjesečne izvještaje u kojima iznosi ocjenu napretka u provođenju strategije okončanja rada Suda.

Trenutni predsjednik Suda je sudija Theodor Meron koji je imenovan za predsjednika Međunarodnog suda 17. novembra 2011. Sudija Meron je ranije obavljao funkciju predsjednika od 2003. do 2005. godine . Prije njega, tu funkciju su obavljali: Patrick Robinson (Jamajka; 2008-2011); Fausto Pocar (Italija; 2005-2008); Theodor Meron (SAD; 2003-2005.); Claude Jorda (Francuska; 1999-2003.); Gabrielle Kirk McDonald (SAD; 1997-1999.); i Antonio Cassese (Italija; 1993-1997.).

Potpredsjednik se takođe bira iz redova stalnih sudija većinom glasova tih sudija. Potpredsjednik se bira istovremeno i na isti rok kao i predsjednik. Kao i predsjednik, potpredsjednik Suda može biti reizabran samo jednom. Potpredsjednik obavlja dužnosti predsjednika u slučaju njegovog odsustva ili spriječenosti da obavlja dužnost, te može biti član  pretresnog ili Žalbenog vijeća.

Sudija Agius imenovan je za potpredsjednika Međunarodnog suda 17. novembra 2008., a radi na Međunarodnom sudu kao sudija od 22. novembra 2001. Sudija Agius je sa Malte.