Dana 27. maja 1999. godine Tužilac Louise Arbour je izjavila da su izdati nalozi za hapšenje Slobodana Miloševića i četvorice njegovih saizvršilaca – predsednika Srbije Milana Milutinovića, načelnika generalštaba Vojske Jugoslavije Dragoljuba Ojdanića, ministra unutrašnjih poslova Srbije Vlajka Stojiljkovića i zamenika saveznog premijera Nikole Šainovića za zločine počinjene na Kosovu.
MKSJ nema oružane snage koje bi mogle ući na teritoriju neke suverene zemlje i izvršiti nalog za hapšenje. U to vreme, zbog toga što je Jugoslavija bila u ratnom stanju, Slobodan Milošević koji je u to vreme bio predsednik, komandovao je i vojskom i policijom. Sa Miloševićem koji je kontrolisao poluge vlasti, ko bi bio u stanju da izvrši nalog za hapšenje i prebaci optuženog u Hag?
Kada je najavila podizanje optužnice, tužilac Arbour pozvala je sve optužene na dobrovoljnu predaju, a u slučaju da to odbiju, ministra pravde da obezbedi njihovo hapšenje i prebacivanje.
Nalozi za hapšenje su, ako ništa drugo, onemogućili Slobodana Miloševića da napusti Jugoslaviju. Međunarodni sud je dostavio naloge za hapšenje njega i četvorice saoptuženih svim državama članicama Ujedinjenih nacija zajedno sa nalogom da pronađu i zamrznu svu njihovu imovinu kako je ne bi mogli koristiti da bi izbegli pravdu.
Nijedan od optuženih nije se predao niti je uhapšen. Međutim, promena na političkoj sceni koja je usledila nakon predsedničkih izbora u septembru 2000. godine i masovnih uličnih protesta u oktobru iste godine dovela je do svrgavanja Miloševića sa vlasti. Ubrzo nakon toga, u decembru iste godine, reformska koalicija u Srbiji je osvojila ubedljivu pobedu na parlamentarnim izborima i Zoran Đinđić je postao novi premijer Srbije. U januaru 2001. godine nove srpske vlasti su Miloševića stavile pod konstatni policijski nadzor u Beogradu i počele istragu navoda da je proneverio državna sredstva i zloupotrebio položaj. On je kasnije uhapšen i optužen za proneveru državnog novca i zloupotrebu vlasti.
Sve ovo vreme Međunarodni sud je insistirao kod novih vlasti u Beogradu da prebace Miloševića u Hag da bi mu se sudilo. Predsednik MKSJ i glavni tužilac su insistirali na tome da je Savezna Republika Jugoslavija imala međunarodnu obavezu da prebaci Miloševića u Hag. Podržavajući Međunarodni sud i vladavinu prava Sjedinjene Američke Države su uslovile ekonomsku pomoć Jugoslaviji prebacivanjem Miloševića na MKSJ.
U junu 2001. godine uoči međunarodne donatorske konferencije na kojoj je Jugoslaviji obećana finansijska pomoć, reformski nastrojeni ministri u jugoslovenskoj vladi su izdejstvovali uredbu koja je omogućila izručivanje osumnjičenih za ratne zločine Međunarodnom sudu. Dana 28. juna 2001. godine predsednik vlade Srbije Zoran Đinđić je odobrio prebacivanje Miloševića u Hag.
U ranim jutarnjim časovima 29. juna 2001. godine Slobodan Milošević je prebačen u nadležnost Pritvorske jedinice Ujedinjenih nacija u Hagu.